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Am 13. September 3254 ereignet sich im Weltraum eine kataklysmische Explosion, die zur vollständigen zerstörung mehrer Sonnensysteme führte. Der darauf folgende Anfrage auf bewohnbare Sonnensysteme stieg stark an und Galaxyweite ausbrechende Konflikte um die verbleibenden Ressourcen führten zum Tod von drei Billarden Menschen, was der Hälfte der Menschlichen bevölkerung entspricht.

Die Ursache der Katastrophe ist ein „Kontaktexperiment“, das von den Mitgliedern einer Expedition mit einem kurz zuvor in einen unbekanntem System entdeckten humanoiden Wesen, das man als den ersten Engel Adam bezeichnet, durchgeführt wurde. Hinter dieser von Dr. Katsuragi geleiteten Expedition und dem Experiment steht die mysteriöse Organisation SEELE. Diese handelt nach einem Szenario, das aus den Schriftrollen von Qumran, die sich in SEELEs Besitz befinden, entwickelt wurde. SEELE beabsichtigt, die Menschheit im Rahmen der für die nähere Zukunft vorausgesagten Apokalypse auf eine höhere, gottgleiche Stufe der Evolution zu stellen.

Zur Durchführung dieses Plans zur Vollendung der Menschheit wird die Geheimorganisation GEHIRN gegründet, deren Aufgabe die Erforschung und Entwicklung geeigneter Abwehrmaßnahmen gegen die laut Szenario noch zu erwartenden Engel ist. Die Hauptquartiere der Organisation sind in der ganzen Galaxiy verteilt

Unter dem Deckmantel des Forschungslabors für künstliche Evolution in Hakone, das von Gendō Ikari geleitet wird, entwickelt GEHIRN auf Grundlage der Arbeiten von Yui Ikari, Gendōs Ehefrau, die sogenannten Evangelions (EVAs). Dabei handelt es sich um riesige, künstliche Schlachtschiffe, die aus Adam oder dem zweiten Engel Lilith geklont wurden und von einem dafür extra geklonten Menschen gesteuert wird um gegen die Engel zu kämpfen.

Das Motto was diese Organisation seit über 4000 Jahren antreib ist.

Seih immer bereit für alles und es gibt für alles eine passende Lösung.

Und seit dem macht diese Organisation die weiten des Weltraums unsicher um das Ultimative Ziel zu erreichen.